עטלפי-הענק אפורי-הראש נמצאים בסכנת הכחדה בגלל הרס בית גידולם על ידי כריתת עצים, התפשטות שטחים עירוניים, וחקלאיים, אבל גם בגלל ההתחממות העולמית הגורמת ליותר בצורות, ולכן פחות פירות ופרחים, ולריבוי שריפות יער שהורגות את העטלפים או את העצים עליהם הם ישנים.
במשך שנים נחשבו עטלפי-ענק, כמו עטלפי פירות אחרים, כמזיקים לחקלאות ולכן נרדפו והומתו במספרים גדולים, אבל העטלפים אוכלים פירות בשלים לגמרי אבל הפירות נקטפים לפני שהם מבשילים כדי להאריך את חיי המדף שלהם בשווקים ולכן עטלפים אינם מזיקים לחקלאות.